Die Heeresgruppe E wurde am 1. Januar 1943 aus dem Armeeoberkommando 12 aufgestellt und der Heeresgruppe F unterstellt. Die Heeresgruppe E war bei ihrer Aufstellung über den ganzen Mittelmeerraum verteilt und hatte Einheiten in Kreta, Serbien und Kroatien. Dabei kämpfte sie auch gegen Partisanen sowohl in Griechenland als auch in Jugoslawien. Im Rahmen des Rückzuges der Wehrmacht aus dem Balkan zog sie sich während der Belgrader Operation bis zum Frühjahr 1945 nach Österreich und Süddeutschland zurück. Sie wurde zusammen mit der Heeresgruppe F am 25. Mai 1945 aufgelöst. Ein prominentes Mitglied der Heeresgruppe E war Kurt Waldheim.